Samosprávu univerzity vykonávajú členovia akademickej obce buď priamo, alebo prostredníctvom orgánov akademickej samosprávy. Orgány akademickej samosprávy sa vo svojej činnosti riadia zákonom č. 131/2002 Z.z. o vysokých školách a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon“), ostatnými právnymi predpismi, týmto štatútom a ostatnými vnútornými predpismi univerzity.

      Orgány akademickej samosprávy sú:

1. Akademický senát univerzity
   Akademický senát univerzity (ďalej len „senát“) je najvyšším samosprávnym orgánom univerzity. Senát a jeho členovia zodpovedajú za svoju činnosť akademickej obci. Najmenej má 15 členov, z toho jednu tretinu tvoria študenti. Každá fakulta má v senáte rovnaký počet zástupcov. Počet zástupcov fakúlt a iných súčastí univerzity v senáte a spôsob ich voľby určuje vnútorný predpis univerzity, ktorým sú zásady volieb do senátu. Senát sa člení na zamestnaneckú časť a na študentskú časť. Členov zamestnaneckej časti senátu volia tajným hlasovaním vo voľbách členovia zamestnaneckej časti akademickej obce. Členov študentskej časti senátu volia tajným hlasovaním vo voľbách členovia študentskej časti akademickej obce. Členom zamestnaneckej časti senátu môže byť len člen zamestnaneckej časti jej akademickej obce. Členom študentskej časti senátu môže byť len člen študentskej časti jej akademickej obce. Ďalšie podrobnosti o spôsobe volieb členov senátu určujú zásady volieb do senátu. Funkčné obdobie členov senátu je najviac štvorročné.

2. Rektor
   Rektor je štatutárnym orgánom univerzity, riadi ju, koná v jej mene a zastupuje ju navonok. Za svoju činnosť sa zodpovedá senátu, ak zákon neustanovuje inak. Funkčné obdobie rektora je štvorročné a začína plynúť dňom, ku ktorému bol do tejto funkcie vymenovaný prezidentom Slovenskej republiky. Funkciu rektora môže vykonávať tá istá osoba najviac v dvoch po sebe nasledujúcich funkčných obdobiach.

3. Vedecká rada univerzity
   Predsedom vedeckej rady univerzity (ďalej len „vedecká rada“) je rektor.
   Vedecká rada v rozsahu daných právomoci najmä:
   a) prerokúva dlhodobý zámer univerzity,
   b) pravidelne, najmenej však raz za rok hodnotí úroveň univerzity vo vzdelávacej činnosti a v oblasti vedy, techniky alebo umenia,
   c) schvaľuje návrh študijných programov, ak ich prerokovanie nepatrí do pôsobnosti vedeckej rady fakulty,
   d) schvaľuje ďalších odborníkov, ktorí majú právo skúšať na štátnych skúškach pre študijné programy uskutočňované na univerzite; schvaľuje školiteľov na doktorandské štúdium pre študijné programy uskutočňované na univerzite,
   e) schvaľuje kritériá univerzity na vyhodnotenie splnenia podmienok získania vedecko-pedagogického titulu alebo umelecko-pedagogického titulu „docent“ a kritéria univerzity na vyhodnotenie splnenia podmienok získania vedeckopedagogického titulu alebo umelecko-pedagogického titulu „profesor“,
   f) prerokúva návrhy na udelenie titulu „docent“ a rozhoduje o ich výsledku v študijných odboroch, v ktorých študijné programy uskutočňuje univerzita,
   g) prerokúva a schvaľuje návrhy na vymenovanie profesorov; ak ide o vymenovanie profesora v študijnom odbore, v ktorom študijné programy uskutočňuje fakulta, robí tak na návrh vedeckej rady fakulty; ak návrh neschváli, vráti ho s vyjadrením vedeckej rade fakulty,
   h) schvaľuje všeobecné kritériá na obsadzovanie funkcií profesorov a docentov; ak ide o obsadzovanie funkcií profesorov a docentov na fakulte, robí tak na návrh vedeckej rady fakulty,
   i) schvaľuje konkrétne podmienky na obsadzovanie funkcií profesorov; ak ide o obsadzovanie funkcií profesorov na fakulte, robí tak na návrh vedeckej rady fakulty,
   j) schvaľuje návrhy rektora na obsadzovanie funkcií hosťujúcich profesorov; ak ide o obsadzovanie funkcií hosťujúcich profesorov na fakulte, robí tak na návrh vedeckej rady fakulty,
   k) udeľuje vedecké hodnosti "doctor scientiarum" (v skratke "DrSc."),
   l) udeľuje významným domácim aj zahraničným osobnostiam titul "doctor honoris causa" (v skratke "Dr.h.c."),
   m) navrhuje rektorovi univerzity udeliť čestný titul "profesor emeritus".
   n) schvaľuje návrh na udelenie Zlatej medaily Prešovskej univerzity v Prešove,
   o) schvaľuje na návrh rektora rokovací poriadok vedeckej rady,
   p) Rokuje o veciach, ktoré jej predloží jej predseda alebo o záležitostiach, na ktorých sa uznesie.

4. Disciplinárna komisia univerzity pre študentov
   Disciplinárna komisia univerzity (ďalej len „komisia“) prerokúva disciplinárne priestupky tých študentov, ktorí nie sú zapísaní v žiadnom študijnom programe uskutočňovanom na fakultách. Komisia má štyroch členov, z ktorých polovicu tvoria študenti. Predsedu a členov komisie vymenúva z radov členov akademickej obce po schválení senátom rektor.