Realizuje tvorbu koncepcie výchovno-vzdelávacieho systému a zabezpečuje jej aplikáciu na fakultách univerzity, koordinuje činnosti prodekanov fakúlt pri tvorbe študijných programov a ich realizácii, metodicky usmerňuje referáty pre vzdelávanie, riadi bakalárske, magisterské, doktorandské a celoživotné vzdelávanie na univerzite, pripravuje harmonogram školského roka a kontroluje jeho plnenie, koordinuje rozvrhy s cieľom efektívneho využitia priestorov univerzity. Zabezpečuje implementáciu ECTS do výchovno-vzdelávacieho procesu, pripravuje podklady pre rozhodovanie rektora o žiadosti o preskúmanie rozhodnutia dekana o neprijatí uchádzača na štúdium.

a)  Referát pre študijné záležitosti je pracoviskom prorektora pre vzdelávanie pre administratívnu a organizačnú prácu. Zabezpečuje činnosti súvisiace so spracovaním agendy referátu – odvolania, sťažnosti, spracovanie údajov o študijných programoch, spracovanie agendy súvisiacej s uznávaním rovnoprávnosti dokladov o vzdelaní, zabezpečuje a eviduje korešpondenciu prorektora, pripravuje a organizačne zabezpečuje porady poradných orgánov: Rady pre vzdelávanie, Štipendijnej komisie, Disciplinárnej komisie pre študentov. Zabezpečuje vyhotovenie a distribúciu zápisov z porád týchto orgánov.