Filozofická fakulta (FF) zabezpečuje vysokoškolské vzdelávanie zamerané na humanitné disciplíny. Jedinečné je štúdium ukrajinského jazyka a literatúry, a tiež štúdium rusínskeho jazyka a literatúry (zastrešené pod Ústavom rusínskeho jazyka a kultúry PU v Prešove). Študenti majú možnosť účinkovať v týchto umeleckých telesách fakulty: Študentské divadlo FF, Ženský spevácky zbor IUVENTUS PEDAGOGICA, Vysokoškolský folklórny súbor Torysa, Komorný orchester CAMERATA ACADEMICA, Miešaný spevácky zbor NOSTRO CANTO. Na pôde FF PU v Prešove pracujú 2 centrá excelentnosti. Lingvokulturologické a prekladateľsko-tlmočnícke centrum excelentnosti poskytuje vedecko-výskumné zázemie pre všetky filologické pracoviská. Veda a výskum sa tu rozvíjajú v piatich filologických prioritách: fonetika a fonológia, lingvokulturológia, preklad a tlmočenie, jazyk masmédií a detská reč. V masmediálnom laboratóriu, ktorého súčasťou je strižňa a nahrávacie štúdio, sa pripravujú texty najmä prostredníctvom audiovizuálnych sietí v jednotlivých jazykových verziách. Odborná činnosť Centra excelentnosti sociohistorického a kultúrnohistorického výskumu je zameraná na tri hlavné priority, ktoré sú začlenené do troch oddelení centra – Oddelenie pre výskum dejín cirkví a náboženstiev v stredoeurópskom priestore, Oddelenie pre štúdium migračných procesov v dejinách spoločnosti a  Oddelenie dokumentácie a ochrany kultúrneho dedičstva Slovenska. Na fakulte pôsobí aj Centrum bioetiky UNESCO (UNESCO Chair in Bioethics), ktoré je jedným z mála podobných pracovísk na svete a orientuje sa na výskum a vzdelávanie v oblasti bioetiky v regióne strednej Európy.
 

Vzdelávanie na Gréckokatolíckej teologickej fakulte (GTF) je spojené s tvorivo-filozofickým a vedeckým poznaním v oblastiach prednášaných disciplín a školskej praxe. Prioritným poslaním je starostlivosť o vzdelávaciu, vedeckú a teologickú prípravu tých, ktorí smerujú ku kňazstvu alebo sa pripravujú na rozličné cirkevné, spoločenské, kultúrne, či výchovno-vzdelávacie služby. Fakulta rieši vedecko-výskumné projekty v domácich a zahraničných schémach. Ich výsledky každoročne prezentuje na konferenciách. Zborníky z nich sú súčasťou bohatej publikačnej činnosti pedagógov fakulty, ktorou sa fakulta dostáva na popredné miesto v celom univerzitnom priestore PU v Prešove.  K rozvoju fakulty prispieva jej edičná činnosť, podporená vytvorením edičného strediska. Dvakrát ročne vydáva vedecký recenzovaný akademický časopis Theologos, ktorý prináša príspevky z oblasti teológie, filozofie, histórie, religionistiky, náboženskej pedagogiky a príbuzných disciplín. Od roku 2010 vychádza jej elektronický ekvivalent E-Theologos.
 

Fakulta humanitných a prírodných vied (FHPV) je edukačnou inštitúciou so špecifickou vzdelávacou a vedeckou orientáciou. Medzi významné prednosti rozvoja fakulty patrí zriadenie Centra excelentnosti ekológie živočíchov a človeka. Pozostáva z deviatich špičkovo zariadených laboratórií, zameraných predovšetkým na skúmanie vplyvu environmentálnych a genetických faktorov na fyziológiu živočíchov a človeka. Pre výskum využívajú dve účelové zariadenia, Školský pozemok PU v Prešove (zároveň riešiteľské pracovisko ochrany genetických zdrojov rastlín Génovej banky SR) a Eko-biologické laboratórium „Domaša“. V rámci projektu Kompetenčné centrum znalostných technológií pre inovácie produkčných systémov v priemysle a službách získala Katedra geografie a regionálneho rozvoja bezpilotnú helikoptéru s leteckým  laserovým skenerom na zber terénnych údajov.
 

Fakulta manažmentu, ekonomiky a obchodu (FMEO) je jedinou fakultou ekonomického zamerania so sídlom na území Prešovského samosprávneho kraja. Študentom ponúka moderné univerzitné vzdelanie v kľúčových oblastiach manažmentu, ekonomiky, financií, marketingu, obchodu, podnikania, cestovného ruchu a ekonomiky a manažmentu v udržateľnom inovatívnom priemysle. V roku 2025 už po 4. raz za sebou získala prestížny status Excelentné výskumné pracovisko, udeľovaný Ministerstvom školstva SR. Fakulta na základe matematických vyhodnotení ministerstvom ako Excelentné výskumné pracovisko dlhodobo patrí medzi tri najlepšie hodnotené spoločenskovedné fakulty na Slovensku spomedzi 120 hodnotených fakúlt a ďalších súčastí  univerzít (v konkurencii všetkých fakúlt ekonomických, právnických, filozofických, pedagogických, sociálno-ekonomických vzťahov, športu, verejnej správy, atď.). Študentom fakulta ponúka 7 akreditovaných študijných programov v odbore ekonómia a manažment na všetkých stupňoch (Bc., Mgr./Ing., PhD., PhDr.), a to každý z nich  v dennej a externej forme, v slovenskom a anglickom jazyku.  Fakulta má vytvorenú sieť 86 Stredísk študentskej praxe, praktickej prípravy a transferu výskumu v SR a ďalších 8 má v Španielsku, Taliansku, v USA, na Cypre, v Grécku, Malte, Írsku aj v Čechách. Študenti počas štúdia aktívne spolupracujú s podnikmi, organizáciami a verejnými inštitúciami v rámci celosemestrálnej odbornej praxe. Témy diplomových a bakalárskych prác, ako aj semestrálnych zadaní, často vznikajú v spolupráci s podnikmi, čím študenti priamo prispievajú k nachádzaniu inovatívnych riešení. Významné osobnosti z biznisu a verejného života sa pravidelne podieľajú na prednáškach a seminároch. Fakulta tak poskytuje nielen kvalitné akademické zázemie, ale aj silné prepojenie na prax, ktoré umožňuje študentom naplno rozvíjať svoj potenciál a pripraviť sa na úspešnú kariéru.

Pedagogická fakulta (PF)  je v súčasnosti jediná na Slovensku výhradne špecializovaná na prípravu učiteľov, odborníkov pre materské školy, prvý stupeň základných škôl a pre špeciálne školy. V oblasti vedy a výskumu sa fakulta zameriava na základný i aplikovaný výskum. V súlade s profilom fakulty sú riešené aktuálne výskumné problémy, súvisiace s prípravou učiteľa predprimárneho, primárneho a špeciálneho vzdelávania, konceptuálne východiská edukácie, v rámci pedagogicko-psychologických vied a v rámci vedných odborov, ktoré sú teoretickou bázou jednotlivých obsahových oblastí predprimárnej, primárnej a špeciálnej edukácie. V rámci inštitucionálnej podpory vedeckého výskumu je na PF PU zriadené vedeckovýskumné pracovisko, ktoré sa zameriava na výskum detskej reči a kultúry. Súčasťou profilu Pedagogickej fakulty je aj umelecká činnosť v oblasti výtvarného (autorské výstavy, organizovanie ŠVOUK), hudobného (súbor PIANO VOCAL, spevácka súťaž MOYZESIANA) a literárno-dramatického umenia (študentské divadlo P.A.D.A.K, časopis ARTUŠ). Fakulta sa aktívne spolupodieľa aj na realizácii Prešovskej detskej univerzity.
 

Poslaním Pravoslávnej bohosloveckej fakulty (PBF) je odborná príprava a výchova budúcich kňazov, pracovníkov v odbore pravoslávnej teológie a sociálnej práce a pracovníkov na rozličných pozíciách v Pravoslávnej cirkvi v Česku a na Slovensku. Jej cieľom je sústavné a systematické prehlbovanie teologického bádania vo všetkých oblastiach náboženského poznania, liturgického a duchovného života, ako aj misie cirkvi. Svoju vydavateľskú činnosť fakulta rozvíja prostredníctvom publikácie Pravoslávny teologický zborník, Sociálna a duchovná revue, Pravoslávny biblický zborník,  Acta Patristica. Na pôde PBF PU v Prešove vznikol Inštitút gréckeho jazyka, ktorý je zameraný na výučbu gréckeho jazyka a kultúry, hlbšie spoznávanie gréckej histórie, filozofie, teológie a kultúry od antiky až po súčasnosť.
 

Fakulta športu (FŠ) vznikla v roku 2004. Jej základným poslaním je poskytovať vysokoškolské vzdelanie telovýchovného zamerania pre učiteľov, trénerov, metodikov a odborníkov v oblasti telesnej výchovy a športu. Výskumné zámery fakulty sú v oblasti vied o športe orientované na  edukačný proces v telesnej výchove, športový tréning a pohybovú výkonnosť nešportujúcej populácie. Súčasťou fakulty je okrem telovýchovných objektov (plaváreň, športová hala, telocvične, atletický štadión a iné) aj  diagnostické centrum, ktoré disponuje technickým, prístrojovým a  laboratórnym vybavením umožňujúcim funkčnú záťažovú diagnostiku, s možnosťou sledovania hladín laktátu, spirometrické vyšetrenie, testovanie úrovne silových, rovnováhových a rýchlostných pohybových schopností, a tiež analýzu telesnej kompozície športujúcej a nešportujúcej populácie.
 

Fakulta zdravotníckych odborov (FZO) poskytuje vysokoškolské vzdelanie v akreditovaných študijných programoch, ktoré sú plne kompatibilné s požiadavkami Európskej únie pre uznávanie diplomov. Od akademického roka 2011/2012 poskytuje fakulta na základe  akreditácie MZ SR špecializačné štúdium v  zdravotníckom povolaní sestra, v špecializačných odboroch ošetrovateľská starostlivosť v odboroch vnútorného lekárstva a anestéziológia a intenzívna starostlivosť. Významnou zložkou výučby je príprava študentov v klinickom prostredí, realizovaná vo viacerých zdravotníckych inštitúciách. Súčasťou fakulty je dentálno-hygienické laboratórium, zamerané na nácvik praktických zručností pri práci s dentálno-hygienickým inštrumentáriom na modeloch simulujúcich prirodzené anatomické pomery. K modernému vybaveniu fakulty patrí aj simulačný tehotenský model na počúvanie oziev a demonštráciu vonkajších pôrodníckych hmatov, celotelový resuscitačný model s PC príslušenstvom a moderne vybavené laboratóriá pre fyzioterapeutickú diagnostiku a liečbu pre poskytovanie fyzioterapeutických procedúr.