Javor horský                                             Jarabina mukyňová (Sorbus aria)
     Zdroj: Jozef Fejér                            Zdroj: https://pixabay.com/sk/images/search/sorbus%20aria

Územie Pienin sa vyznačuje tým, že má vápencové podložie. Je značne členité, čo je príčinou výskytu veľkých mikroklimatických rozdielov. Vďaka týmto špecifickým podmienkam je flóra druhovo bohatá a pestrá. Rastie tu približne 1100 druhov cievnatých rastlín, okolo 400 druhov rias, 320 druhov machov a pečeňoviek, približne 470 druhov lišajníkov a 1200 druhov húb. V dôsledku izolácie územia v období štvrtohôr od susedných území pokrytých ľadovcom mala flóra vhodné prostredie na svoj vývoj, vďaka čomu tu vznikli mladé endemity – neoendemity. Za vyhranené pieninské endemity sa považuje púpava pieninská (Taraxacum pieninicum), ktorá sa vyskytuje z poľskej strany a horčičník pieninský (Erysimum pieninicum). Významným druhom je chryzantéma pieninská (Dendrathema pieninicum). Dlho bola považovaná za endemit. V súčasnosti je zaraďovaná k subendemitom, pretože jej výskyt bol zistený aj v iných geograficky vzdialených oblastiach. Veľmi zaujímavý a cenný je výskyt borievky netatovej (Juniperus sabina), ktorá sa vyskytuje v strmých stenách v severnej časti. Za pozoruhodnú zvláštnosť flóry Pienin možno pokladať tavolník prostredný (Spirea media subsp. media). Okrem pieninských endemitov či subendemitov sa tu vyskytuje niekoľko západokarpatských endemitov alebo subendemitov a to nevädza Triumfettova úzkolistá (Cyanus triumfetti subsp. dominii), horčičník Wittmannov (Erysimum wittmannii), bodliak laločnatolistý (Carduus lobulatus), bodliak sivastý (Carduus glaucinus), klinček včasný (Dianthus hungaricus), soldanelka karpatská (Soldanella carpatica), chrastavec Kitaibelov (Knautia kitaibelii), rožec tuhý tatranský (Cerastium strictum subsp. tatrae). Za významnú zložku pieninskej flóry treba pokladať termoxerofytné kalcifyty, z ktorých sa niektoré chápu ako prealpínske prípadne dealpínske elementy. Ide o bršlen bradavičnatý (Evonymus verrucosa), skalník čiernoplodý (Cotoneaster niger), arábka chlpatá (Arabis hirsuta), rebrica pyrenejská (Libanotis pyrenaica), zvonček klbkatý (Campanula glomerata), ruman farbiarsky (Antemis tinctoria), pluzgiernik horský (Cystopteris montana) a iné, ktoré tu majú vhodné stanovištia na exponovaných vápencových bralách s koreňovým systémom v štrbinách (chasmofyty), terasách, a pod. Zo vzácnych chránených druhov sa nachádza poniklec slovenský (Pulsatilla slavica).

Pieniny sú svojrázne aj z hľadiska lesných spoločenstiev. Prejavuje sa tu výrazná stupňovitosť v dôsledku rozdielnych ekologických podmienok hlavne klimatických, čo ovplyvňuje zloženie porastov drevín a bylín. Prapôvodným lesným spoločenstvom Pienin je jedľovo–bukový les, ktorý sa však zachoval len miestami. Najrozšírenejšie sú jedľovo–smrekové (Abies alba, Picea abies) lesy s vtrúseným bukom (Fagus sylvatica). Zaujímavé v hrebeňovitých partiách národného parku sú lipové háje, v ktorých okrem lipy malolistej (Tilia cordata) rastie lieska obyčajná (Corylus avellana), jaseň štíhly (Fraxinus excelsior), javor mliečny (Acer platanoides), javor horský (Acer pseudoplatanus), svib krvavý (Cornus sanguinea), krušina jelšová (Rhamnus frangula), rešetliak prečisťujúci (Rhamnus cathartica), pozoruhodné sú porasty borovice lesnej (Pinus sylvestris) ako pôvodnej dreviny Pienin. Pôvodným druhom je aj tis obyčajný (Taxus baccata). Na území sa vyskytujú aj hrab obyčajný (Carpinus betulus), brest horský (Ulmus glabra), jarabina mukyňová (Sorbus aria), borievka obyčajná (Juniperus communis) a ďalšie. Na vlhkých miestach rastie papraďovec Braunov (Polystichum braunii), papraďovec laločnatý (Polystichum aculeatum), na skalách trávy, medzi inými ostrevka vápnomilná (Sesleria caerulea), kostrava tvrdá (Festuca pallens). Bohaté zastúpenie tu má napríklad kozinec južný (Astragalus australis), pamajorán obyčajný (Origanum vulgare), púpavec sivý (Leontodon incanus), jagavka konáristá (Anthericum ramosum), dúška vajcovitá (Thymus pulegioides) a iné.

Brehy potokov a rieky Dunajec osídľujú prípotočné spoločenstvá. V nižších polohách hlavne jelša lepkavá (Alnus glutinosa) vo vyšších polohách jelša sivá (Alnus Incata). Sprievodnými druhmi sú rôzne druhy vŕb, ako napr. vŕba sivá (Salix elaeangos), vŕba krehká (Salix fragilis) a iné. Bohatá je aj bylinná sprievodná vegetácia. Vzácnym druhom pri Dunajci pod Holicou je ozdobná papraď perovník pštrosí (Matteuccia struthiopteris) a tráva chrastnica trsteníková (Phalaris arundinacea).