Kozobrada východná (Tragopogon orientalis)            Borovica limbová (Pinus cembra)
Zdroj: https://pixabay.com/sk/images/search/    Zdroj: https://pixabay.com/sk/images/search/pinus%20
(tragopogon%20orientalis/                                        20cembra/

V Popradskej kotline, ktorá je súčasťou Podtatranskej kotliny bola pôvodná, prirodzená vegetácia zastúpená najmä jedľovými a jedľovo-smrekovými lesmi, ďalej smrekovými lesmi čučoriedkovými s výskytom smrekovca opadavého (Larix decidua) a borovice limbovej (Pinus cembra). Nachádzali sa tu aj smrekovo jedľové lesy s bukom, ale dnes tu zostali len malé plochy smrekových lesov na výbežkoch morén pod Vysokými Tatrami.
Na údolných nivách rieky Poprad rastú jelšiny a vrbiny. Na podhoriach je mnoho pasienkov a lúk s charakteristickými, riedko rozsiatymi smrekmi. V Primovských skalách rastú vzácne druhy teplomilnej i zriedkavej vysokohorskej flóry ako cesnak tuhý (Allium strictum), hadomor purpurový (Scorzonera purpurea), poniklec otvorený (Pulsatilla patens), nezábudka úzkolistá (Myosotis stenophylla) a slezinník nepravý (Aasplenium adulterinum). Napríklad na Švábovskej stráni rastú teplomilné druhy ako kozinec dánsky (Astragalus danicus), prerastlík kosákovitý (Bukpeurum falcatum), či žltuška menšia (Thalictrum minus).
V západnej časti zasahuje okrajovo toto územie najznámejší park na Slovensku – Tatranský národný park. V podhorí Tatier a v podtatranských kotlinách zaberajú veľkú časť územia lúky a pasienky. V minulosti sa tu striedali kosné lúky, pasienky, vlhké, slatinné a rašelinné lúky. Mnohé z týchto lúk sú v súčasnosti ovplyvnené intenzifikáciou poľnohospodárskej výroby, rekultiváciou a odvodnením. Melioračnými zásahmi boli značne zdecimované rozsiahle rašeliniská a močiare. Intenzifikácia poľnohospodárskej výroby sa negatívne prejavila na druhovom zložení vegetácie.  Z rastlinných druhov sa tu uplatňujú čertkus lúčny (Succisa pratensis), jesienka obyčajná (Colchicum autumnale), kozobrada východná (Tragopogon orientalis), margaréta biela (Leucanthemum vulgare), medúnok vlnatý (Holcus lanatus), rebríček obyčajný (Achillea millefolium), nevädza lúčna (Centaurea jacea), psiarka lúčna (Alopecurus pratensis), reznačka laločnatá (Dactylis glomerata), tomka voňavá (Anthoxanthum odoratum), traslica prostredná (Briza media), zvonček konáristý (Campanula patula).
Druhým geomorfologickým celkom, ktorý zasahuje do Doliny Popradu sú Nízke Beskydy so svojimi pohoriami Ľubovnianska vrchovina a Čergov. Je to územie floristicky málo pestré. Pôvodné lesné spoločenstva tvorili bukové lesy a na hranici s Hornádskou kotlinou i lesy dubové a dubovo-hrabové s hojnou prímesou jedle, javora, lipy, brestu a umelo vysadeného červeného smreka. Veľké plochy tu zaberajú smrekové i borovicové monokultúry. V Čergove prevažujú bukové a jedľobukové lesy.
Podhôľno-magurská oblasť je tretím geomorfologickým celkom tvoriacim Dolinu Popradu. Súčasťou je Spišská Magura – flyšové pohorie. Špecifickom flóry Spišskej Maguryje je to, že tu rastie veľa horských i vysokohorských druhov, napr. poniklec biely (Pulsatilla alba), veternica narcisokvetá (Anemone narcisiflora), nátržník zlatý (Potentilla aurea), šafran Heuffelov (Crocus heufelianus) a iné.
Unikátnym je Chránený areál Plavečské štrkoviská. Štrkoviská obtekajú ramená rieky Poprad. Vyskytujú  sa tu vzácne biotopy vŕby sivej, nížinných a podhorských kosných lúk.