Trasochvost horský (Motacilla  cinerea)                                Bobor vodný (Castor fiber)
Zdroj: https://pixabay.com/sk/photos/vt%C3%        Zdroj: https://pixabay.com/sk/photos/bobor-
A1k-trasochvost-2009350/                                    ric%C3%ADnov%C3%A9-vl%C3%A1kno-5912466/

Región doliny rieky Poprad zasahuje na Slovensku do troch geomorfologických jednotiek a to Fatransko-tatranskej, Východných Beskýd a Podhôľno-magurskej oblasti, čomu zodpovedá druhová diverzita fauny.
Z ulitníkov sa tu vyskytuje rod bytinela (Bythinella spp.), z lastúrnikov malá hrachovka potočná (Pisidium casertanum). 
Povodie rieky Poprad predstavuje jediný areál výskytu neparazitickej mihule potočnej (Lampetra planeri) na Slovensku. Icthyofauna povodia Popradu je druhovo chudobnejšia ako ostatné toky v povodí rieky Dunaj na Slovensku. Početná je podustva severná (Chondrostoma nasus), jalec hlavatý (Squalius cephalus) či čerebľa pestrá (Phoxinus phoxinus), naopak klesajúcu tendenciu majú populácie lipňa tymianového (Thymallus thymallus). Rybársky atraktívna je hlavátka podunajská (Hucho hucho), ktorá tu nie je pôvodná.
Z plazov a obojživelníkov tu evidujeme užovku obojkovú (Natrix natrix), vretenicu severskú (Vipera berus), skokana hného (Rana temporaria) a ropuchu bradavičnatú (Bufo bufo).
Spoločenstvá živočíchov rieky Poprad s priľahlými brehmi vytvárajú vhodný biotop pre viacero stálych či migrujúcich druhov vtákov. Povodie rieky osídľuje rybárik riečny (Alcedo atthis), bocian čierny (Ciconia nigra), bocian biely (Ciconia ciconia), chrapkáč poľný (Crex crex), strakoš červenochrbtý (Lanius collurio), rybár riečny (Sterna hirundo), a volavka biela (Egretta alba), ktorá sa tu vyskytujú v hniezdnej sezóne. Príležitostne sa v tomto území objavia orol skalný (Aquila chrysaetos) a orol krikľavý (Aquila pomarina). Z ostatných vtákov tu boli spozorované druhy: jastrab krahulec (Accipiter nisus), trsteniarik malý (Acrocephalus schoenobaenus), sliepočka zelenonohá  (Gallinula  chloropus),  sedmohlások  hájový  (Hippolais  icterina),  kulík  riečny (Charadrius dubius), čajka striebristá (Larus argentanus) a čajka bielohlavá (Larus cachinnans), svrčiak riečny (Locustella fluviatilis), potápač veľký (Mergus merganser), trasochvost biely (Motacilla alba), trasochvost  horský  (Motacilla  cinerea),  vlha  hájová  (Oriolus  oriolus),  rybožravý kormorán  veľký (Phalacrocorax carbo), brehuľa obyčajná (Riparia riparia), pŕhľaviar čiernohlavý (Saxicola rubicola), rybár riečny (Sterna hirundo), či cíbik chochlatý (Vanellus vanellus).
Z cicavcov je zaujímavý výskyt bobra vodného (Castor fiber), ktorý túto lokalitu osídlil v 80. rokoch minulého storočia. Imigroval sem z Poľska z oblasti Krynice. Od roku 1990 má v povodí stály výskyt a v súčasnosti mu habitáty poskytujú bohatú potravnú ponuku.