Inštitút sa organizačne člení na 3 katedry :

Katedra základných psychologických vied a psychologickej metodológie

Katedra klinickej psychológie a psychológie zdravia

Katedra školskej psychológie, poradenskej psychológie a psychológie práce

Organizačné členenie zodpovedá 3 základným oblastiam výskumu, ktorým sa členovia inštitútu venujú a ktoré zabezpečujú vo výučbe.

K inštitútu sú pričlenené oddelenia : 

Pracovisko psychologického poradenstva pri Inštitúte psychológie FF PU pre študentov a študentky PU, ktoré je k dipozícii pre študentov PU v rozsahu zodpovedajúcemu možnostiam vyčlenených pracovníkov na inštitúte

Psychologické PC laboratórium, ktorého cieľom je participácia na výskumných projektoch v oblasti behaviorálnych a sociálnych vied prevažne medzinárodného charakteru