Spolupráca Gréckokatolíckej teologickej fakulty Prešovskej univerzity v Prešove s pracoviskami a univerzitami v rámci Slovenska má významné miesto v rozvoji fakulty. Realizuje sa organizovaním konferencií, seminárov, výstav a taktiež formou aktívnej účasti pedagógov na ich konaní, vytváraním spoločných pracovných tímov pre získanie a následnú realizáciu vedeckých grantov v národnom i medzinárodnom rozmere a účasťou odborníkov v rámci pozvaných hosťovských prednášok a ďalších akademických aktivít. Tieto aktivity sa dejú na interpersonálnej báze medzi vedecko-pedagogickými partnermi a doktorandmi v rámci Prešovskej univerzity i v rámci ďalších univerzít na Slovensku.
Okrem toho sa domáce vzťahy fakulty dotýkajú aj memoránd a iných dohôd o spolupráci, ktoré sú využívané najmä v realizácií praxe v konkrétnych študijných programocch na GTF PU.