Vysoká škola musí mať vypracovaný a funkčný vnútorný systém kvality, ktorý je podrobnejšie upravený na podmienky jednotlivých súčastí vysokej školy vo vnútorných systémoch kvality týchto súčastí. Hlavným cieľom vnútorného systému kvality je rozvíjanie významu kvality a jej zabezpečovania pri činnostiach vysokej školy a fakulty. Vnútorný systém kvality je upravený vnútorným predpisom vysokej školy a zahŕňa:

• politiku vysokej školy v oblasti zabezpečovania kvality vysokoškolského vzdelávania,
• postupy vysokej školy v oblasti zabezpečovania kvality.

Prešovská univerzita v Prešove venuje problematike systému kvality mimoriadnu pozornosť. Procesy implementácie systémov kvality začala univerzita realizovať už od roku 2009, výsledkom čoho bolo získané ocenenie v súťaži Národná cena Slovenskej republiky za kvalitu 2011. Univerzita v roku 2011 vypracovala samohodnotiacu správu podľa modelu CAF. V roku 2013 bola zriadená Rada pre kvalitu vzdelávania Prešovskej univerzity v Prešove, bol vypracovaný Vnútorný systém hodnotenia kvality vzdelávania na Prešovskej univerzite v Prešove. V roku 2014 bola zriadená Pracovná skupina pre hodnotenie vnútorného systému kvality. Na uvádzaných grémiách sa kontinuálne optimalizujú procesy implementovaného vnútorného systému kvality podľa požiadaviek Slovenskej akreditačnej agentúry pre vysoké školstvo.

Účelom súčasného Vnútorného systému zabezpečovania kvality Prešovskej univerzity v Prešove (ďalej len „VSK PU“) je podpora rozvoja univerzity, a to v európskom poňatí kvality univerzitného vzdelávania a vedeckej, výskumnej, vývojovej, inovačnej alebo ďalšej tvorivej činnosti, ktoré podporujú rozvoj jedinca a jeho prípravu na život v súčasnej globalizovanej spoločnosti. Zároveň podporujú akademických a vedeckých pracovníkov, ich rozvoj a spoluprácu so študentmi v akademickom prostredí a prípravu absolventov, ktorí sa dokážu uplatniť na medzinárodnom trhu práce, dokážu pracovať s najnovšími poznatkami, uchovávať, šíriť a ďalej posúvať doterajšie výsledky, ktoré ľudstvo dosiahlo v oblasti vedeckej, technickej, kultúrnej i spoločenskej.

Zabezpečovanie a hodnotenie VSK PU vychádza z vymedzenia poslania a cieľov univerzity uvedených v jej štatúte a z koncepcie rozvoja univerzity formulovanej v dlhodobom zámere, stratégiách rozvoja vedy a výskumu, vzdelávania, internacionalizácie, environmentálnej udržateľnosti a ďalšej umeleckej alebo tvorivej činnosti univerzity.

Zabezpečovanie a hodnotenie VSK PU priebežne reaguje na aktuálne podnety akademickej obce univerzity a na podnety od ostatných orgánov univerzity, stálych poradných orgánov rektora, orgánov fakúlt a ďalších súčastí univerzity. Pri zabezpečovaní a hodnotení kvality činností univerzita spolupracuje s ostatnými vysokými školami a ďalšími vedeckými inštitúciami, orgánmi verejnej správy, internými a externými posudzovateľmi Rady pre VSK PU a ďalšími relevantnými orgánmi.

Zabezpečovanie a hodnotenie VSK PU sa uskutočňuje podľa študijných, vedných odborov a oblastí vzdelávania uskutočňovaných na univerzite, fakultách a ďalších súčastiach univerzity.

Na univerzitnej aj fakultnej úrovni sú schválené Mapy procesov, dynamické dokumenty mapujúce jednotlivé univerzitné a fakultné procesy determinujúce kvalitu (nielen) vzdelávania, syntetizujúce univerzitné a fakultné predpisy súvisiace s procesmi kvality. Táto dokumentácia, vrátane súvisiacich interných predpisov univerzity a fakulty je dostupná z hlavnej webovej stránky univerzity a fakúlt z odkazu "Vnútorný systém kvality".