Stálymi poradnými orgánmi rektora sú:

1. Kolégium rektora
   Členmi kolégia rektora sú rektor, prorektori, kvestor, dekani, predseda senátu a ďalší členovia podľa rozhodnutia rektora. Kolégium prerokúva všetky zásadné otázky o činnosti univerzity.
    
2. Vedenie univerzity
   Vedenie univerzity je užším poradným orgánom rektora, ktorý operatívne rieši neodkladné záležitosti univerzity. Členmi vedenia sú rektor, prorektori, kvestor a predseda senátu.

Rektor podľa potreby zriaďuje ďalšie odborné stále alebo dočasné orgány, komisie a pracovné skupiny. Ich členov vymenúva z radov akademickej obce, príp. aj odborníkov z praxe.