Orgány akademickej samosprávy PU v Prešove podľa § 7 zákona č. 131/2002 Z.z. o vysokých školách sú: 

• Akademický senát PU

• Rektor

• Vedecká rada PU

• Disciplinárna komisia PU pre študentov

Stále poradné orgány rektora PU podľa čl. 13 Štatútu PU v Prešove sú:

• Kolégium rektora

• Vedenie univerzity

Orgán PU so zvláštnym postavením podľa § 40  zákona č. 131/2002 Z.z. o vysokých školách je: 

• Správna rada PU

Poradné rady rektora PU:

• Rada pre vzdelávanie

• Rada pre vedu a výskum

• Rada pre vnútorný systém kvality 

• Rada pre rozvoj a informatizáciu

• Rada pre umeleckú činnosť

• Rada pre edičnú činnosť

• Rada pre zahraničie a vonkajšie vzťahy

• Rada pre športovú činnosť

• Rada pre marketing 

• Etická komisia pre oblasť výskumu

• Etická komisia 

• Redakčná rada univerzitného časopisu NA PULZE