Borievka obyčajná (Juniperus communis)                  Telékia ozdobná (Telekia speciosa)
                      Zdroj: Jozef Fejér                                       Zdroj: https://pixabay.com/sk/images/search/
                                                                                           telekia%20speciosa/

Z geomorfologického hľadiska sú Nízke Beskydy členené na Beskydské predhorie, Ondavská vrchovina, Laborecká vrchovina a Busov. Vegetačný kryt na flyši nie je mimoriadne bohatý na množstvo rastlinných druhov.
Beskydské predhorie má pestrú vegetáciu vďaka vulkanickým bradlám. V severozápadnej časti je väčší výskyt teplomilných bučín. Ondavská vrchoviny má výraznú prevahu bukových lesov. Striedajú sa tu lesy s horskými lúkami, pastvinami a poľnohospodárskou pôdou. Lesy zaberajú väčšiu časť územia a sú zmiešané. Z drevín sa najviac vyskytuje buk lesný (Fagus sylvatica), v menšej miere breza (Betula), javor (Acer), dub (Quercus) a hrab (Carpinus), z ihličnanov je to smrek (Picea). V Laboreckej vrchovine prevládajú kvetnaté bučiny. Ďalej sa vyskytuje jedľa (Abies) a smrek (Picea).  V Laboreckej a Ondavskej vrchovine sa na vlhkých miestach vyskytuje v bukových lesoch prímes jelše (Alnus).
Veľkú časť zaberajú dubovo–hrabové lesy s kostravou chlpatou (Carex pilosa), vyššie prechádzajú do bukových lesov, ktoré patria ostricovému bukovému alebo karpatskému lesu so zubačkou žľaznatou (Dentaria glandulosa). Zo severu preniká jedľa, javorové lesy sú vzácnejšie, pri Becherove sa zachoval aj tis.
Pri potokoch sú časté jelšiny (Alnetum incanae).
Rastlinstvo Nízkych Beskýd je na rozhraní vegetácie Západných a Východných Karpát. Z flyšových území má u nás najteplomilnejšiu vegetáciu. V západnej časti sa vyskytujú mnohé východokarpatské a balkánsko-aplské druhy, napríklad razilka smradľavá (Aposeris foetida), kostihoj hľuznatý (Symphytum tuberosum), ostrica sedmohradská (Carex transsilvanica), telekia ozdobná (Telekia speciosa), perovník pštrosí (Matteuccia struhiopteris), čemerica purpurová (Helleborus purpurascens).
V južnej časti sa v teplých dubových lesoch aj so vzácnym dubom plstnatým (Quercus pubescens),  sa vyskytujú drieň obyčajný (Cornus mas), ostrica horská (Carex montana), kamienka modropurpurová (Lihtospermum purpurocaeruleum). Vzácnosťou sú vstavače – vstavač purpurový (Orchis purpurea), vstavač mužský poznačený (Orchis mascula ssp. signifera), vstavač vojenský (Orchis militaris) a iné. Sprievodnými drevinami a bylinami sú borovica lesná (Pinus silvestris) s ostrica vtáčia nôžka (Carex ornithopoda), črievičník papučka (Cypripedium calceolus). Časté sú aj dubiny s kostravou horskou (Festuca drymeia).
Rastú tu niektoré východokarpatské endemity.