Rastliny a živočíchy, tak ako iné živé organizmy, sú otvorené systémy a so svojim okolím neustále komunikujú výmenami hmoty a energie. Vplyv okolia je teda v pozadí každého fyziologického procesu organizmov a je celkom neodmysliteľnou súčasťou akéhokoľvek štúdia ekofyziológie. Vo všeobecnosti ju možno charakterizovať ako oblasť prieniku množiny ekologických  faktorov s množinou fyziologických procesov rastlín a živočíchov.

Výskum a vývoj laboratória je orientovaný na oblasť sekundárneho metabolizmu, kde hľadáme spojenie medzi funkciou sekundárnych produktov a primárnym metabolizmom, pričom berieme do úvahy, že faktory prostredia pôsobiace na tieto procesy majú rozhodujúce postavenie.

Význam sekundárnych metabolitov pre produkujúce rastliny a živočíchy nie je v mnohých prípadoch objasnený. Vo významnej miere sa uplatňujú v autekológii rastliny a živočícha, resp. vzťahoch jedincov k ekofyziologickým (stanovištným) podmienkam. Tieto vzťahy pôsobia buď stimulačne alebo inhibične v interakciách: rastlina – rastlina (alelopatia), živočích – živočích (etológia), rastlina – mikroorganizmus (fytoalexíny), živočích – mikroorganizmus, rastlina – insekty (atraktanty, fytoncídy, repelenty), rastlina – bylinožravec, rastlina – človek, zviera - človek. 

Nová infraštruktúra laboratória ekofyziológie živočíchov a rastlín je využitá na základný a aplikovaný výskum biologicky aktívnych látok z rastlinných extraktov a silíc, ekofyziologických procesov živočíchov a rastlín v súvislosti s pôsobením faktorov životného prostredia na organizmy. Laboratórium umožňuje aj celý komplex iných výskumných činností s ich aplikáciami od determinácie a identifikácie prírodných látok s liečebným efektom pre extrakty a silice z liečivých rastlín (rozvoj farmaceutického, potravinárskeho a kozmetického priemyslu, humánnej, veterinárnej medicíny a poľnohospodárstva), cez vývoj nových fytoaditív pre potravinárstvo a veterinárnu prax a vývoj nových atraktantov, fytoncídov, fytoalexínov a repelentov pre ochranu človeka, zvierat a rastlín pred ich chorobami (vírusy a baktérie) a škodcami (hmyz) až po kvalitatívno-kvantitatívnu determináciu nepovolených stimulačných látok a narkotík. 

Okrem priameho rozvoja výskumu a vývoja na PU sa laboratórium podieľa priamo na  významnom zvýšení výskumno-vývojového potenciálu pre dlhodobý rozvoj regiónu v rámci aj mimo Slovenskej republiky.

Infraštruktúra 

• LC/MS -modulárny systém - kvapalinový chromatograf s detekčným systémom 
• MS, PDA, fluorescenčný detektor
• GC/MS - modulárny systém -  kombinácia plynového chromatografu GC s hmotnostným quadrupolovým detektorom s EI
• komplexný systém merania fotosyntézy
• automatický mikromanipulátor na separáciu buniek živočíchov a človeka
• destilačné a extrakčné aparatúry na prípravu rastlinných silíc a extraktov
• rotačná vákuová odparka, sušiareň laboratórneho skla a rastlinných materiálov
• digestor na prácu s prchavým materiálom
• vodný kúpeľ na udržiavanie stabilnej teploty reakcií