Rektorát tvoria úseky, útvary, oddelenia, referáty a ostatné pracoviská. Rektorát pozostáva z organizačných útvarov, ktoré sú rozdelené nasledovne:

1. 1. Úsek rektora pozostáva:

1. kancelária rektora, 

2. personálno-právny útvar,

3. referát kontroly, ochrany osobných údajov a civilnej ochrany,

4. Archív Prešovskej univerzity v Prešove.
    

1. 2.  Úsek prorektorov pozostáva:

1. útvar vzdelávania,

2. útvar vedy, umenia, športu a akreditácie,

3. útvar rozvoja, informatizácie a hodnotenia kvality,

4. útvar zahraničia a vonkajších  vzťahov,

5. útvar pre stratégiu a marketing.
    

         1.3.  Úsek kvestora pozostáva:

1. kancelária kvestora,

2. ekonomický útvar,

3. technicko-prevádzkový útvar,

4. referát verejného obstarávania,

5. referát investičnej výstavby a rekonštrukcií.