Rektorát Prešovskej univerzity v Prešove je súčasťou celouniverzitných pracovísk univerzity v zmysle čl. 5 Organizačného poriadku Prešovskej univerzity v Prešove. Je riadiacim, výkonným a kontrolným pracoviskom univerzity, ktoré uskutočňuje riadiacu, organizačnú, koordinačnú, konzultačno-poradenskú, evidenčnú, podnikateľskú a kontrolnú činnosť v oblasti študijnej, vedeckej, ekonomickej, technicko-investičnej, personálnej, právnej, informačnej, vonkajších vzťahov, marketingu  a vnútornej správy za účelom zabezpečovania potrieb univerzity.

Do jeho pôsobnosti patrí:

• zabezpečovať po stránke materiálnej a administratívnej, činnosť rektora univerzity a ďalších predstaviteľov samosprávnych orgánov, najmä prorektorov, kvestora, akademického senátu, vedeckej rady a správnej rady,

• príprava a spracúvanie podkladov potrebných na plnenie povinností univerzity najmä v oblasti účtovníctva, štatistiky, predpísanej evidencie a na vypracovanie súhrnných správ a prehľadov za univerzitu,

• koordinovať činnosť dekanátov fakúlt, celouniverzitných pracovísk, účelových zariadení, kňazských seminárov a špecializovaných pracovísk univerzity,

• zabezpečovať špecializované služby pre ostatné pracoviská univerzity, kontakt s orgánmi štátnej správy a s ďalšími orgánmi a spravovať majetok univerzity.