Bocian čierny (Ciconia nigra)                                   Rys ostrovid (Lynx lynx)
Zdroj: https://pixabay.com/sk/photos/bocian-      Zdroj: https://pixabay.com/sk/photos/lynx-zviera-
%C4%8Dierny-vt%C3%A1k-bocian-speren%          ma%C4%8Dka-cicavcov-4387516/
C3%A9-2981385/

Nízke Beskydy sa nachádzajú na rozhraní západokarpatskej, východokarpatskej a panónskej oblasti. Fauna Nízkych Beskýd sa výrazne zhoduje s faunou týchto troch oblastí. Územie sa vyznačuje druhovo pestrím zastúpením bezstavovcov aj stavovcov.
Z bezstavovcov sa tu vyskytuje chrobák - boros Schneiderov (Boros schneideri) a fuzáč alpský (Rosalia alpina), či slimák - pimprlík mokraďný (Vertigo angustior). V čistých podhorských tokoch nájdeme raka riečneho (Astacus astacus).
V tokoch sa vyskytujú druhy rýb Európskeho významu pĺž podunajský (Cobitis  elongatoides), hrúz Vladykovov (Romanogobio vladykovi), hrúz „Kesslerov“ (Romanogobio carpathorossicus), mrena škvrnitá (Barbus carpathicus), pĺž vrchovský (Sabanejewia bulgarica), ale aj kolok vretenovitý (Zingel streber). V menších tokoch s prítomnosťou jemných sedimentov je prítomná aj mihuľa potiská (Eudontomyzon danfordii).
Vlhkomilné vysokobylinné spoločenstvá vyhovujú chráneným druhom obojživelníkov - kunke žltobruchej  (Bombina variegata) a mlokovi karpatskému (Triturus montandoni). Z plazov je tu bežná užovka obojková (Natrix natrix), alebo užovka hladká (Coronella austriaca) vo vyšších polohách sa vyskytuje aj vretenica severná (Vipera berus).
Najväčšou triedou stavovcov na území Nízkych Beskýd, čo do druhovej početnosti a pestrosti, sú vtáky. Nad územím periodicky migruje žeriav popolavý (Grus grus). Na území nájdeme hniezdne biotopy sovy dlhochvostej (Strix uralensis) či orla krikľavého (Aquila pomarina). Hniezdnymi  biotopmi bociana  čierneho (Ciconia nigra) sú  lesy  všetkých  typov. Haja  červená (Milvus milvus) sa vyskytuje ojedinelo a to v bukových  a zmiešaných  lesoch, jej hniezda sa nachádzajú na okraji lesných porastov alebo aj hlboko vo vnútri lesov. Muchárika bielokrkého (Ficedula albicollis) môžeme pozorovať najmä v listnatých lesoch, naopak pŕhľaviar čiernohlavý (Saxicola rubicola) vyhľadáva suchšie trávnaté porasty, s riedkou vegetáciou a rozptýlenými krovinami.
Z chránených cicavcov európskeho významu sa tu vyskytuje vlk dravý (Canis lupus), rys ostrovid (Lynx lynx), medveď hnedý (Ursus actos). Najpočetnejšie je zastúpená srnčia a raticová zver - jeleň obyčajný (Cervus elaphus), srnec hôrny (Capreolus capreolus) či sviňa divá (Sus scrofa). Z poľskej strany sa k nám občas dostane aj los mokraďový (Alces alces) z Polonín zubor hrivnatý (Bison bonasus).