V oblasti vedeckého výskumu sa tvoriví pracovníci PF PU v Prešove zameriavajú na základný i aplikovaný výskum. V súlade s profilom fakulty sú riešené aktuálne výskumné problémy súvisiace s prípravou učiteľa predprimárneho, primárneho a špeciálneho vzdelávania. Ďalšou oblasťou výskumu sú konceptuálne východiská edukácie v rámci pedagogicko-psychologických vied a v rámci vedných odborov, ktoré sú teoretickou bázou jednotlivých obsahových oblastí predprimárnej, primárnej a špeciálnej edukácie. Aplikovaný výskum je venovaný zefektívňovaniu didaktického a edukačného systému v jednotlivých predmetových didaktikách, inovácii metodických postupov a stratégií a tvorbe učebných materiálov a študijných zdrojov. Publikačné výstupy PF PU v Prešove sú oceňované aj pri udeľovaní Ceny rektora PU v Prešove v oblasti pedagogických, spoločenských a behaviorálnych vied. Vedeckovýskumné projekty sú na PF PU v Prešove riešené predovšetkým v rámci domácich grantových schém KEGA, VEGA a APVV.

Okrem publikovania jednotlivých kategórií vedeckých, odborných a umeleckých prác je súčasťou publikačnej činnosti tvorivých pracovníkov PF PU v Prešove aj kreovanie a editovanie periodických zborníkov a časopisov, ako je zborník edície Acta Paedagogicae vydávaný periodicky v spolupráci s partnerskou inštitúciou v Poľsku (Państwowa Wyzsza Szkola Zawodowa, Nowy Sacz) a zborník edície Vzdelávanie a spoločnosť vydávaný periodicky v spolupráci s partnerskou inštitúciou na Ukrajine (Berďanskyj deržavnyj pedahohičnyj universytet, Berďansk); vydávanie vedeckých recenzovaných časopisov Štúdie zo špeciálnej pedagogiky/Studies in Special Education (evidovaný v ERIH PLUS – European Reference Index for the Humanities and Social Sciences a CEEOL – Central and Eastern European Online Library) a O dieťati, jazyku, literatúre (evidovaný v databáze CEEOL – Central and Eastern European Online Library), participácia na editovaní medzinárodného vedeckého časopisu Journal of Preschool and Elementary School Education.

Odrazom úrovne vedeckovýskumnej činnosti a kvalifikačnej štruktúry Pedagogickej fakulty PU v Prešove sú akreditované práva na uskutočňovanie doktorandského štúdia v odbore učiteľstvo a pedagogické vedy, v študijných programoch predškolská a elementárna pedagogika a špeciálna pedagogika. PF PU v Prešove má práva na uskutočňovanie konaní v odbore habilitačného a inauguračného konania predškolská a elementárna pedagogika.